Em 27 de abril de 2021, São Francisco do Conde recebeu do Governo do Estado mais 300 doses de vacinas contra a COVID-19. A faixa etária imunizada é de pessoas de 64 a 60 anos.
Todas as Unidades de Saúde da Família estão vacinando.
São Francisco do Conde também está vacinando contra a Influenza (gripe) e, até 10 de maio, o público-alvo é: Crianças de 06 meses a menores de 06 anos; Gestantes; Puérperas (mulheres até 45 dias após o parto); Trabalhadores de saúde.